本施設は、益川敏英京都大学名誉教授（元基礎物理学研究所長）の2008 年ノーベル物理学賞受賞記念事業として「最先端教育と基礎科学教育のシームレスな融合センター」を目指したものである。　
　建設地は京都大学北部団地構内に位置し、構内全体の調和、特に隣接する基礎物理学研究所との外観の調和を図るとともに、京都市景観条例の山並み背景型美観地区、眺望空間保全地区に該当しており、京都市としての景観デザインにも準拠した施設とした。　
　地球環境に対しては熱負荷の低減及びLCCO2 の削減を目指し、外断熱工法、階段室のエコシャフト化、Low-E 複層ガラス、共用部分のLED 照明及び太陽光発電の採用等、最先端の研究所に相応しい環境配慮を行っている。　
各フロアには大学の研究、教育施設として、知的生産の向上を目指し、施設利用者の交流の場、議論の場を設けている。